第一采集：电子数据的采集是指税务机关依法从纳税人或扣缴义务人、税务稽查案件相关法人/自然人处复制或提取电子数据的过程。这是电子稽查的重要环节，是电子稽查的基础性工作，这一环节解决的问题是，能否以合法手段复制或提取涉税电子数据。主要采集方法有：
1.用专门的数据采集工具软件，目前各地国、地税所使用的电子查账软件均有相应的数据采集工具软件，可以单独使用，无须安装。以用友查账软件为例，它可以采集基于不同数据库类型的账套、数据库备份文件，或者直接采集数据库。除去财务数据外，与涉税有关的业务数据也可以进行采集。同时，该软件还可以自动从税务机关数据库提取被查单位的纳税申报资料及其他有关资料，方便进行比对和分析。
2.直接复制原始文档，用复制操作的办法制作一个原始文档的复制件，复制过程对原始电子数据不做任何改变，其内容、格式、大小等文档诸要素均不发生变化。复制方法有三种：一是直接在计算机上进行复制操作；二是使用专门的数据采集软件；目前，一些数据采集软件具备复制功能，能查找所需要的文档并原样复制，同时记录其原先的存储位置，以备将来作为证据使用。三是用拷贝工具软件，如“Fastcopy（快速文件拷贝）V2.11绿色汉化版”，其好处是快速，直观，复制功能更强大，当然，完成的也是复制操作，并不改变文件本身的内容和格式。3.直接调取电子文档的载体（计算机、存储载体）
在某些情况下，如被查单位不够配合，前面两种方法没能完成数据的提取，并且已经知道所需要电子数据存储的物理位置，如知道所需要的电子数据存储在某台计算机上、或存储在某个存储设备上，此时可以依法直接调取存储电子数据的载体，当然，这一行为的合法性还存在争议，但在极端情况下，税务机关有这样操作的。
证据固定：由于电子数据的虚拟性和对环境和技术的依赖性，电子数据在采集过程中，很容易在人为因素或环境因素的作用下被改变、损坏。如果这样的电子数据直接作为证据来使用，会存在很多问题。因此，如果采集的电子数据想作为证据使用，就应当在采集过程中和结束时对证据进行固定，以保证取得的电子证据来源合法，内容真实、客观、完整，符合法律对证据的基本要求。证据固定就是对可能灭失或今后难以取得的证据予以固定保存的过程。一般而言，证据固定可以采取以下方法：
1.打印：国家税务总局《稽查工作规程》第三十条规定：以电子数据的内容证明案件事实的，应当要求当事人将电子数据打印成纸质资料，在纸质资料上注明数据出处、打印场所，注明“与电子数据核对无误”，并由当事人签章。对于可以直观或直接反映及证明案件事实的电子证据，如word文档、excel文档、图片文档、电子账等都可用此方法。
这是电子稽查中比较常用、也是稽查双方均比较认可的证据固定方法，如：电子账由采集工具从被查单位调取并导入，其内容无变化，但格式已发生变化，如果直接拿这样的电子数据作为证据使用可能会存在问题，解决的办法就是把证明涉税问题的有关明细账和凭证打印出来，由对方确认并履行相关手续后作为证据使用。
2.复制：用自行携带的存储工具（U盘、移动硬盘或可写入光盘等）将电子数据从被查单位复制过来的过程，这些电子数据有时不能打印输出或打印输出太麻烦，如被查单位与涉税问题有关的音频文件、视频文件、程序文件等，这时可采用复制的方法固定证据。复制后，签封或公证签封，保存备用。国家税务总局《稽查工作规程》第三十条规定：需要以有形载体形式固定电子数据的，应当与提供电子数据的个人、单位的法定代表人或者财务负责人一起将电子数据复制到存储介质上并封存，同时在封存包装物上注明制作方法、制作时间、制作人、文件格式及长度等，注明“与原始载体记载的电子数据核对无误”，并由电子数据提供人签章。
3.拍照、摄像：对于具备视听资料特征的电子证据，可以采用拍照、摄像的方法进行证据的提取和固定，以便全面、充分地反映证据的证明作用。此外，在电子证据取证过程中，对取证全程进行拍照、摄像，可以证明被固定电子证据的真实性、合法性。需要注意的是，国家税务总局《稽查工作规程》第二十九条规定，制作录音、录像等视听资料的，应当注明制作时间、制作方法、制作人和证明对象等内容。对声音资料，应当附有该声音内容的文字记录；对图像资料，应当附有必要的文字说明。
4.制作相关笔录：《稽查工作规程》第三十一条规定，检查人员实地调查取证时，可以制作现场笔录、勘验笔录，对实地检查情况予以记录或者说明。对电子证据取证制作相应的检查笔录，可以进一步强化证据的证明作用。
5.查封、扣押：因某种原因，无法复制被查单位存储介质中的相关数据时，可以履行相关手续后，查封、扣押涉及案件电子证据的载体，然后再对该电子证据进行分析、解读。比如，被查单位存有电子数据的电脑因被加密，无法现场复制电子数据，为防止被查单位在检查人员离场后删除或篡改数据，这时，可以查封、扣押电脑主机，然后再作进一步处理。
6.公证：通过公证机构以“证据保全公证”的方式对提取的有关电子证据进行公证。这也是一个比较好的固定证据方式，会使证据效力大大增强。
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